Probablemente el MPG que usas no es el adecuado para VCD, yo tuve un problema similar y solo lo resolví con el TMPG:
Lo puedes descargar en
www.softonic.com si no lo tienes; una vez que lo tengas lo abres y te vas a FILE, de ahí a MPG TOOLS y de ahí a MERGE AND CUT (para cortar videos)
Despliega la pestañita que por default tiene
MPG-1 sistem automatic y selecciona
MPG-1 Video CD
Y haces una prueba cortando el video que te da problemas (si seleccionas todo el video no corta nada, simplemente lo convierte a MPG-1 para Video CD) y ves si te hace lo mismo.
Para cortar el video como una prueba has esto:
Una vez que estés en Merge and cut...
Haces clic en AD y seleccionas el video que te da problemas.
Luego te aparece el nombre del video en el espacio blanco, debajo de la barra que dice FILE, haces un clic sobre el nombre del video hasta que te quede azul.
Luego haces clic en edit y veras unos corchetes [ ], das clic en el primer corchete justo donde quieres empezar a ver tu video y en el segundo corchete justo donde quieres que termine, si solo es una prueba corta un trocito para ver si te funciona, si te funciona "cortas" o mejor dicho conviertes todo el video y te grabas el VCD
Luego haces clic en donde dice browse y seleccionas la carpeta donde quieres guardar el video convertido o cortado.
Y luego comienzas la conversión.
Si no sabes usar el NERO (tal ves sea eso) lee CON CALMA
ESTE tutorial.