Bueno,
primero que nada no veo la necesidad de hacer ese cambio al pasado, la tabla de particion basada en NTFS es superior en cuanto a rapidez y agrupacion de archivos, con respecto a FAT32.
Sin embargo si asi lo quieres, necesitas un cd de windows 98 second edition que sea booteable, es decir que puedas arrancar desde el y hacer las veces de que vas a instalarlo, llegara una fase de la instalacion en la cual deberas seleccionar la particion a utilizar, alli lo que debes hacer es eliminar la de NTFS y hacer una nueva en FAT32 y por supuesto hacer un formateo nuevo de tu disco duro.
Espero que te sirva la info. Bye