Pues...la respuesta es que depende.
A ver como me explico, depende del sitio donde tengais guardadas las cosas de MJ, depende de la version de windows Millenium que os hayan pasado, y creo que no depende de nada mas
Hay varias versiones de WM. Una de ellas es de actualizacion de windows98, con lo cual, no "borras" nada, solo lo instalas por encima. Otras versiones si que son independientes del windows 98 y convendria que lo borraras antes.
Todo lo que no tengas en los directorios Windows o Archivos de programa no se borra al instalar otro sistema operativo, a no ser que lo borres tu.
No se si os he aclarado algo, pero bueno, para cualquier duda no teneis mas que preguntar.
PD: Opinion mia, basada en mi experiencia personal y en la de todos los casos que conozco. Si teneis instalado el Windows 98, yo no instalaria el Millenium ni de coña. Es el sistema operativo que mas problemas da que he visto en mi vida. En todo caso me instalaria el XP que ese si que es otra cosa
Saludos