Pues hombre, vamos a ver.........el ejercito está sometido SIEMPRE al poder civil.
La cúpula del ejército responde ante el Ministro de Defensa, que forma parte del Consejo de Ministros como órgano colegiado del Gobierno, estando a la cabeza de éste el Presidente del Gobierno, el cual a su vez ante determinadas actuaciones o decisiones debe dar cuenta al Congreso y/o las Cortes Generales o contar con su aprobación, como puede ser en la declaración de los estados de Alarma, Excepción y Sitio.
Los militares no tienen autonomía ni legimitación normativa alguna para decidir por ellos mismos qué significa "defender a España" ni mucho menos para actuar según les de la gana.
Cosa distinta es que actuaran como hicieron algunos en el 23-F. Afortunadamente, a dia de hoy es muy dificil que se repita tal cosa.
En cuanto al tema de marras, no está de más consultar los artículos que regulan todo el asunto, tanto en la Constitución (art.149.1.32 si no me equivoco) como en el Estatuto de Autonmía de Cataluña (no recuerdo ahora en que articulo viene, aunque curiosamente no emplean la expresión referendum sino "consultas populares"). En cualquier caso, al que le interese ir más allá del sensacionalismo y el alarmismo y/o determinismo de unos y de otros que le eche un ojo y saque sus propias conclusiones.